泛醌分子中含有一個由多個異戊二烯單位組成的、與對苯醌母核相連的側(cè)鏈，該側(cè)鏈的長度根據(jù)泛醌的來源而有不同，一般含有n=6–10個異戊二烯單位。對于哺乳動物，n=10，因此又稱輔酶Q10。分子中的醌式結(jié)構(gòu)使泛醌具有氧化型（泛醌，Coenzyme Q10）與還原型（泛酚，Ubiquinol）兩種形式，在細(xì)胞內(nèi)這兩種形式可以相互轉(zhuǎn)變，這是泛醌作為電子傳遞體的基礎(chǔ)。泛醌的電子得失可以分兩步進(jìn)行，即一次轉(zhuǎn)移一個電子，也可以經(jīng)一步進(jìn)行，同時轉(zhuǎn)移兩個電子。